Als componist heeft hij repertoire geschreven voor zowel solo-instrumenten als voor diverse ensembles, van duo tot orkest. Zijn stijl combineert vernieuwingen uit de 20e eeuw met traditionele elementen uit de westerse muziek. Zijn werken bestaan uit liederencycli, sonates, kamermuziek voor verschillende bezettingen en concerten. Veel van deze werken zijn pianomuziek. In 1993 kende de muziekafdeling van de Universiteit van Chicago hem een vierjarige studiebeurs toe om compositie te studeren. Zijn professoren daar waren onder andere John Eaton, Jay Alan Yim, Andrew Imbrie, Shulamit Ran en Marta Ptaszynska, computermuziek en compositie bij Howard Sandroff, directie bij Barbara Schubert en orkestratie/arrangement bij Cliff Colnot. Tijdens zijn studie aan de Universiteit van Chicago ontving hij de Paul en Olga Menn-prijs voor originele composities voor zijn Concerto voor piano en dubbel strijkorkest.

Hij ontving opdrachten van organisaties zoals het "Rhijnauwen Chamber Music Festival", het DuPage Symphony Orchestra, de Chicago Chamber Musicians, de Rembrandt Chamber Players, het Orion Ensemble en Vents de Barcelona, evenals van individuele artiesten zoals Marion van den Akker, Keith Conant, Katinka Kleijn , Claire Chase, Eric Lamb, Noé Cantú en Elizabeth Ko. Alle werken zijn uitgevoerd en opgenomen in eerdere concertseizoenen. In 2004 ontving zijn Music for Flute and Piano, opgenomen door Mary Stolper voor Cedille Records , een gunstige recensie in de Gramophone. Hij was Composer In Residence bij en lid van Chicago's New Music Ensemble CUBE. In deze functie ontving hij een beurs van het American Composer's Forum om muziek te schrijven voor kinderconcerten. Sebastian Huydts doceerde aan het College of the University of Chicago, Lake Forest College, Northwestern University en aan de Merit School of Music in Chicago. Onlangs werd hij uitgenodigd als Artist-in-Residence aan de Universiteit van Macedonië in Thessaloniki, Griekenland, en gaf hij een concert met zijn eigen werk aan het conservatorium van Athene.

Momenteel is hij hoogleraar en coördinator van de afdeling keyboard en strijkinstrumenten aan de School of Audio and Music van Columbia College Chicago, waar hij compositie en piano doceert en het New Music Ensemble dirigeert. Naast zijn activiteiten op universitair niveau gaf hij samen met Cliff Colnot les in orkestratie binnen het MFA Music Composition for the Screen-programma. Daarnaast was hij betrokken bij het pre-universitaire programma aan de Sherwood Community Music School. Hij trad regelmatig op met het Palomar Ensemble van Access Contemporary Music en met musici van het Orquestra Simfònica de Barcelona i Nacional de Catalunya. Zijn werk wordt uitgegeven door Jeanné , specialisten in muziek voor houtblazers en altviool.